بر خلاف آنچه که ممکن است خیلی افراد تصور کنند، خطر بروز درد در زمان جراحی پیوند مو بسیار ناچیز است. البته در مورد عمل پیوند مو به روش FUT یا نواری، ممکن است بیمار در طی چند روز اول بعد از عمل درد خفیفی را احساس کند و شاید هم برای تسکین درد در اولین شب بعد از عمل به داروی مسکن نیاز پیدا کند. اما روش FUE معمولاً هیچ دردی را حتی در شب اول بعد از عمل به همراه ندارد.
خارش: یکی از عوارض شایع بعد از عمل
خونریزی: کاشت موچه به روش FUE و چه به روش نواری انجام شود، معمولاً بر روی ناحیه اهدا کننده در پوست سر یک پانسمان گذاشته می‌شود تا فشار مختصری را بر روی این ناحیه وارد کند. این کار باعث می‌شود که خطر بروز خونریزی بعد از
ورم: اغلب افرادی که عمل کاشت مو انجام می‌دهند، کمی ورم در پوست سر خود مشاهده خواهند کرد. به طور کلی احتمال بروز ورم در ناحیه پذیرنده و اطراف آن، به ویژه پیشانی و دور چشم‌ها بیشتر است. بعضی از افراد می‌توانند از داروهای استروئید پروفیلاکتیک برای کاهش خطر بروز ورم استفاده کنند. داروهای استروئیدی را می‌توان به صورت تزریق در پوست سر در روز عمل جراحی و یا به صورت قرص در طی چند روز اول بعد از عمل استفاده کرد. ورم سر در صورتی که اتفاق بیفتد، معمولاً در روز سوم بعد از عمل شروع می‌شود و در روز چهارم به بیشترین میزان خود می‌رسد. اما خوشبختانه این ورم معمولاً تا روز پنجم بعد از عمل خیلی سریع برطرف می‌شود.
بی‌حسی: اثر داروهای بی‌حسی موضعی که در زمان انجام اغلب عمل‌های کاشت مو استفاده می‌شود، ممکن است تا چند ساعت بعد از پایان عمل نیز همچنان باقی بماند. علت دیگری که برای بی‌حسی بعد از عمل وجود دارد، تحریک اعصاب پوست در نواحی پذیرنده و اهدا کننده می‌باشد. تحریک اعصاب معمولاً در چند روز اول دوره بهبودی بعد از عمل اتفاق می‌افتد. گاهی اوقات هم ممکن است آسیب مکانیکی اعصاب سطحی باعث بروز بی‌حسی شود که در این صورت بی‌حسی به مدت طولانی‌تری ادامه پیدا خواهد کرد.
عفونت‌ها: خطر بروز عفونت بعد از جراحی‌های انتخابی ناحیه سر و گردن، به علت منبع خونی خیلی قوی که در این نواحی وجود دارد، بسیار پایین است. البته بیماران دیابتی، بیماران مبتلا به اختلال در سیستم ایمنی و سایر افرادی که خطر بروز عفونت در آنها به دلیل ابتلاء به بیماری‌های خاصی زیاد است، ممکن است که از این قاعده مستثنی باشند. برای این بیماران ممکن است نوعی داروی آنتی‌بیوتیک پروفیلاکتیک توسط پزشک